Интересует такой вопрос. Некоторые оптимизаторы советуют убирать все внешние ссылки на сайте, заменяя их вставками кода JavaScript. Таким образом, пользователи с включенным JavaScript-ом будут видеть ссылки, но в html-коде ссылок не будет и поисковик не сможет их проиндексировать,насколько это эффективно с вашей точки зрения?

Я бы не стал так делать,так как это может быть воспринято поисковыми системами как "клоакинг".

Клоакинг – (от англ. cloak – мантия, маска, прикрытие) прием "чёрной" поисковой оптимизации, заключающийся в том, что информация, выдаваемая пользователю и поисковым роботам на одной и той же странице, различается. Лучше просто добавлять к внешним ссылкам атрибут rel="nofollow".

В крайнем случае можете пропускать ссылки через редирект, как это сделано на нашем сайте. Страницу редиректа при этом закройте от индексации стандартными способами.